Souvent, les notions de biodiversité et de services écosystémiques sont confondues. Ainsi, on trouve fréquemment des articles scientifiques comportant le terme « biodiversité » dans le titre ou les mots-clefs, alors que l'article étudie, par exemple, un processus biologique ou un service écosystémique, et non la diversité du vivant au sein d'un écosystème. Il ne faut donc pas confondre ce qui relève de la diversité du vivant – et donc de la biodiversité au sens de la Convention sur la diversité biologique (cf. une synthèse des définitions, Gosselin et al., 2004) – avec ce qui relève du vivant ou des services écosystémiques, qui sont des concepts plus généraux. Cette confusion a d'autant moins de raison d'être que les services écosystémiques ne sont pas conditionnés uniquement par la biodiversité.