Les biomarqueurs sont des outils mis en oeuvre pour établir un diagnostic de risque environnemental. Leurs usages et leur intérêt, notamment dans la détermination du risque de pollution, sont devenus incontournables surtout depuis que la directive cadre européenne sur l'eau a imposé la surveillance de l'état écologique des cours d'eau. Cependant, le manque de connaissances sur la biochimie, la physiologie et le comportement des organismes aquatiques sentinelles utilisés limitent fortement l'utilisation optimale de ces outils. Quelles sont les connaissances disponibles sur les biomarqueurs ? Comment les utiliser et quelles sont les limites actuelles ? Autant de questions auxquelles cet article tente de répondre.